Tras un período de exilio en Francia, estudió Humanidades y Música en el Seminario de Vitoria antes de licenciarse en Derecho y en Ciencias Económicas. Desde la década de los cincuenta compaginó el trabajo en diversas empresas con la investigación en las áreas de música, euskera, historia, folklore y documentación.
Considerado como una de las figuras más activas en el estudio y la divulgación de la música vasca desde la segunda mitad del siglo XX, José Antonio Arana Martija es autor de una obra amplia y, en muchos sentidos, aún no superada. Así sucede con su libro Música Vasca, publicado en 1976 y reeditado posteriormente, que fue la primera ?y hasta hoy única? recopilación global, extensa y documentada sobre la historia de la música autóctona. Es de mencionar también la fundación y dirección de agrupaciones musicales como las corales Santa Cecilia y Andra Mari de Gernika. Destacan asimismo sus informes para la mejora del sistema vasco de educación musical. Bibliotecario de Euskaltzaindia desde 1978 y académico de número de esa institución desde 1988, José Antonio Arana Martija ha desplegado una ambiciosa labor como documentalista y bibliógrafo dando como resultado importantes catálogos, cancioneros y otros acopios.
Miembro de Eusko Ikaskuntza-Sociedad de Estudios Vascos, fue presidente de su Sección de Música entre 1987 y 1990. También forma parte de la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País y del Instituto Americano de Estudios Vascos.
No se puede dejar de mencionar su compromiso político, que le llevó varias veces a la cárcel durante el franquismo. Con la democracia fue elegido concejal de Gernika y diputado a Juntas Generales de Bizkaia.
