Oihenart tuvo una polémica de orden lingüístico con Garibay, que decía simplemente que las palabras acabadas en "-a" eran singular y las acabadas en "-ak" eran plural, sin embargo Oihenart dijo que eran formas del artículo. Con Morales tuvo otra polémica a raíz de su afirmación de que en la península se hablaban varias lenguas, y el euskera era particular de las provincias vascongadas con lo que Oihenart no estaba de acuerdo